Puolustusministeriössä on kolme osastoa, yksi erillisyksikkö sekä Turvallisuuskomitean sihteeristö (TK) ja Maanpuolustustiedotuksen suunnittelukunnan sihteeristö (MTS). Lisäksi osastojen sisäinen työ jakaantuu useampaan yksikköön.
Ministeriö