Puolustusministeriössä on kolme osastoa, kaksi erillisyksikköä sekä Turvallisuuskomitean sihteeristö (TK) ja viestintäyksikön yhteydessä toimiva Maanpuolustustiedotuksen suunnittelukunnan sihteeristö (MTS). Lisäksi osastojen sisäinen työ jakaantuu useampaan yksikköön.
